Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis. - Ecole Centrale de Nantes Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nature Communications Année : 2016

Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis.

S Sieberts , Fan Zhu (1) , Javier García-García (2) , Eli Stahl , Abhishek Pratap , Gaurav Pandey (3) , Dimitrios Pappas , Daniel Aguilar (4) , Bernat Anton , Bo Bonet (5) , Ridvan Eksi , Oriol Fornés (6) , Emre Guney , Hongdong Li (7) , Manuel Marín , Bharat Panwar , Joan Planas-Iglesias , Daniel Poglayen , Jing Cui (7) , Andre O. Falcao (8) , Christine Suver , Bruce Hoff , S Balagurusamy , Donna Dillenberger , Elias Chaibub Neto , Thea Norman , Tero Aittokallio , Muhammad Ammad-Ud-Din , Chloe-Agathe Azencott (9, 10) , Víctor Bellón (9, 10) , Valentina Boeva (9, 10) , Kerstin Bunte , Himanshu Chheda , Cheng Cheng (11) , Jukka Corander , Michel Dumontier (12) , Anna Goldenberg (13) , Peddinti Gopalacharyulu (14) , Mohsen Hajiloo , Daniel Hidru , Alok Jaiswal (15) , S Kaski , Beyrem Khalfaoui , Ali Khan (15) , Eric R. Kramer (16) , Pekka Marttinen , Aziz M. Mezlini , Bhuvan Molparia , Matti Pirinen , Janna Saarela (17) , Matthias Samwald , Véronique Stoven (9, 10) , Hao Tang (18) , Jing Tang , Ali Torkamani , Jean-Philippe Vert (9, 10) , Bo Wang (19, 20) , Tao Wang (21) , Krister Wennerberg , Nathan E. Wineinger , Guanghua Guan (22) , Yang Xie (23, 24) , Rae Yeung (25) , Xiaowei Zhan , Cheng Zhao (26) , Manuel Calaza , Haitham Elmarakeby , S. Heath (27) , Quan Long (28) , Jonathan D. Moore (29) , Stephen Opiyo , S. Savage , Jun Zhu (30) , Jeff Greenberg , Joel Kremer (31) , Kaleb Michaud , Anne Barton , Marieke Coenen (32) , Xavier Mariette (33) , Corinne Miceli (34) , Nancy Shadick , Michael Weinblatt (35) , Niek de Vries (36) , Paul P. Tak (37) , Danielle Gerlag , Tom W J Huizinga (38) , Fina Kurreeman (39) , Cornelia F. Allaart , S Bridges , S Louis Bridges , Lindsey Criswell (40) , Larry Moreland , Lars Klareskog (41) , Saedis Saevarsdottir , Leonid Padyukov (42) , Peter K Gregersen , Stephen Friend , Robert Plenge (43) , Gustavo Stolovitzky , Baldo Oliva (44) , Yuanfang Guan (45) , Lara M Mangravite
1 Zhejiang University
2 UPV/EHU - Universidad del Pais Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea [Espagne]
3 CSIRO - Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra]
4 DYNBIO LEGOS
5 Institut d'Ecologia Aquàtica
6 Department of Medical Genetics
7 CAU - China Agricultural University
8 CA3 - Computational Intelligence Research Group
9 Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
10 CBIO - Centre de Bioinformatique
11 HFUT - Hefei University of Technology
12 BMIR - Stanford Center for BioMedical Informatics Research
13 Service de génétique [Rouen]
14 Technical Research Centre of Finland
15 FDA - U.S. Food and Drug Administration
16 JPL - Jet Propulsion Laboratory
17 Profium Oy [Helsinki]
18 CAAS - Chinese Academy of Agricultural Sciences
19 Business School [Hohai University]
20 Institute of Industrial Economics [Hohai University]
21 State Key Laboratory of Medical Genetics of China
22 State Key Laboratory of Advanced Special Steel
23 QBRC - Quantitative Biomedical Research Center
24 Harold C. Simmons Comprehensive Cancer Center [Dallas, TX, États-Unis]
25 LHEEA - Laboratoire de recherche en Hydrodynamique, Énergétique et Environnement Atmosphérique
26 NRCIEA - China National Research Center of Intelligent Equipment for Agriculture [Beijing]
27 CNAG - Centro Nacional de Análisi Genómico
28 GMI - Gregor Mendel Institute of Molecular Plant Biology
29 MAE - UC Davis - Department of Mechanical and Aerospace Engineering [Univ California Davis]
30 Tongji University
31 Laboratory for Measles and Rubella
32 Department of Human Genetics
33 INSERM U1012
34 School of biosciences and biotechnology, University of Camerino
35 Division of Rheumatology, Immunology and Allergy and Partners Asthma Center
36 Department of Health Education and Promotion
37 UvA - University of Amsterdam [Amsterdam] = Universiteit van Amsterdam
38 Department of rheumatology
39 Rheumatology Unit, Department of Medicine
40 UC San Francisco - University of California [San Francisco]
41 Rheumatology Unit
42 Rheumatology Unit, Department of Medicine
43 Merck & Co. Inc
44 Structural Bioinformatics Group (GRIB), Barcelona Research Park of Biomedicine (PRBB)
45 Capital Normal University [Beijing]
S Sieberts
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Fan Zhu
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Eli Stahl
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Abhishek Pratap
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Dimitrios Pappas
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Daniel Aguilar
Bernat Anton
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Ridvan Eksi
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Emre Guney
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Manuel Marín
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Bharat Panwar
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Joan Planas-Iglesias
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Daniel Poglayen
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Christine Suver
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Bruce Hoff
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S Balagurusamy
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Donna Dillenberger
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Elias Chaibub Neto
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Thea Norman
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Tero Aittokallio
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Muhammad Ammad-Ud-Din
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Kerstin Bunte
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Himanshu Chheda
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Jukka Corander
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Mohsen Hajiloo
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Daniel Hidru
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S Kaski
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Beyrem Khalfaoui
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Pekka Marttinen
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Aziz M. Mezlini
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Bhuvan Molparia
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Matti Pirinen
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Matthias Samwald
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Hao Tang
Jing Tang
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Ali Torkamani
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Krister Wennerberg
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Nathan E. Wineinger
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Xiaowei Zhan
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Manuel Calaza
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Haitham Elmarakeby
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Stephen Opiyo
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S. Savage
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Jun Zhu
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Jeff Greenberg
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Kaleb Michaud
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Anne Barton
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Xavier Mariette
Nancy Shadick
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Danielle Gerlag
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Cornelia F. Allaart
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S Bridges
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S Louis Bridges
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Larry Moreland
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Lars Klareskog
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Saedis Saevarsdottir
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Peter K Gregersen
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Stephen Friend
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Robert Plenge
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Gustavo Stolovitzky
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Lara M Mangravite
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Résumé

Rheumatoid arthritis (RA) affects millions world-wide. While anti-TNF treatment is widely used to reduce disease progression, treatment fails in ∼one-third of patients. No biomarker currently exists that identifies non-responders before treatment. A rigorous community-based assessment of the utility of SNP data for predicting anti-TNF treatment efficacy in RA patients was performed in the context of a DREAM Challenge (http://www.synapse.org/RA_Challenge). An open challenge framework enabled the comparative evaluation of predictions developed by 73 research groups using the most comprehensive available data and covering a wide range of state-of-the-art modelling methodologies. Despite a significant genetic heritability estimate of treatment non-response trait (h(2)=0.18, P value=0.02), no significant genetic contribution to prediction accuracy is observed. Results formally confirm the expectations of the rheumatology community that SNP information does not significantly improve predictive performance relative to standard clinical traits, thereby justifying a refocusing of future efforts on collection of other data.
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Paternité - Pas d'utilisation commerciale

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Citer

S Sieberts, Fan Zhu, Javier García-García, Eli Stahl, Abhishek Pratap, et al.. Crowdsourced assessment of common genetic contribution to predicting anti-TNF treatment response in rheumatoid arthritis.. Nature Communications, 2016, 7, pp.12460. ⟨10.1038/ncomms12460⟩. ⟨hal-01420921⟩
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